คณะรัฐมนตรีได้มีมติ เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม พ.ศ. 2542 ได้เห็นชอบในหลักการมาตรการ จัดการศึกษาเพื่อคนพิการ ให้ดำเนินการตามเสนอ และเห็นชอบกับยุทธศาสตร์การดำเนินงานและโครงการการบริหารงานของการจัดการศึกษาเพื่อคนพิการ และประกาศให้ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัด  เป็นสถานศึกษาเพื่อคนพิการ โดยให้ทำหน้าที่นำนโยบายไปสู่การปฏิบัติ จัดทำและจัดสรรงบประมาณ ให้แก่สถานศึกษา ประสานงานกับหน่วยงานในพื้นที่ให้บริการการศึกษา บำบัด ฟื้นฟู และดำเนินระบบส่งต่อโรงเรียน ชุมชน

ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดตาก ได้จัดตั้งขึ้นตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2543 ตั้งอยู่เลขที่ 203 หมู่ 7 ตำบลป่ามะม่วง อำเภอเมือง จังหวัดตาก รหัสไปรษณีย์ 63000 โดยมีหน้าที่ให้บริการช่วยเหลือระยะแรกเริ่ม เตรียมความพร้อม ฝึกทักษะทุกด้าน ฟื้นฟูสมรรถภาพ ตามกระบวนการในแผนการจัดการศึกษาเฉพาะบุคคล ส่งต่อ ให้เข้าสู่ระบบสถานศึกษา จัดสิ่งอำนวยความสะดวก สื่อ บริการและความช่วยเหลืออื่นใดทางการศึกษาแก่คนพิการ บุคลากรที่จัดการศึกษาสำหรับคนพิการ จัดระบบข้อมูลสารสนเทศด้านการศึกษาสำหรับคนพิการ บุคลากรที่จัดการศึกษาสำหรับคนพิการ จัดระบบสนับสนุนการจัดการเรียนร่วม และประสานงานการจัดการศึกษาสำหรับคนพิการในจังหวัดตาก

เมื่อวันที่ 15 กรกฎาคม พ.ศ. 2552 ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดตาก ได้จัดตั้ง ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดตาก สาขาแม่สอด ขึ้นเพื่อให้บริการด้านการจัดการศึกษาสำหรับคนพิการ ในพื้นที่ 5 อำเภอชายแดน ได้แก่ อำเภอแม่สอด อำเภอแม่ระมาด อำเภอท่าสองยาง อำเภอพบพระ และอำเภออุ้มผาง ซึ่งเป็นพื้นที่ห่างไกลมีอาณาเขตติดต่อประเทศพม่า ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดตาก สาขาแม่สอด ตั้งอยู่เลขที่ 1/22 ถนนราชการราษฎรดำหริ 1 ตำบลแม่สอด อำเภอแม่สอด จังหวัดตาก รหัสไปรษณีย์ 63110 ซึ่งปัจจุบันคือ ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดตาก หน่วยบริการแม่สอด